Nel 2004-2005 ha allenato il Foggia in Serie C1
venendo esonerato a metà stagione con un ruolino di marcia di
4 vittorie, 7 pareggi e 6 sconfitte 
;
nel 2005-2006 diventa il quinto allenatore in quella stagione della Sambenedettese, sempre in Serie C1, coadiuvato da un ex-giocatore della Roma, Roberto Pruzzo:
i risultati sono negativi, e Giannini viene esonerato dopo sole 7 partite senza vittorie.
Nel 2006 allena per breve tempo in Romania l'Argeş Piteşti. Durante la sua gestione la formazione guidata da Giannini, che milita nel massimo campionato romeno,
racimola in dieci giornate una vittoria e nove sconfitte consecutive, che gli costano il posto e viene esonerato.
Il 19 settembre 2007 viene chiamato a sostituire Mauro Melotti sulla panchina della Massese.
Dopo essere stato esonerato dopo pochi mesi, Giannini è stato richiamato alla guida della Massese venendo poi esonerato nuovamente.
Nella stagione 2008-2009 è chiamato alla guida del Gallipoli, in Prima Divisione, e si avvale della collaborazione di un altro ex della Roma, l'ex portiere Giovanni Cervone, preparatore dei portieri e del vice Roberto Corti.[8] Giannini consegue la promozione in Serie B, traguardo storico per il club salentino. A un mese dalla promozione le strade di Giannini e del presidente Vincenzo Barba si separano di comune accordo, a causa del clima di indecisione conseguente alla crisi societaria[9]. Ad agosto, con il cambio di proprietà, Giannini viene confermato dal presidente Daniele D'Odorico[10].
L'8 febbraio 2010 al termine della partita Gallipoli-Grosseto (terminata 2-2)
Giannini annuncia le dimissioni dopo uno scontro verbale con il presidente D'Odorico[11] e
due giorni dopo ritira le dimissioni e rimane alla guida della squadra salentina 
.[12]
Il 22 marzo
abbandona definitivamente la panchina gallipolina dimettendosi nuovamente 
, alla vigilia della sfida interna con la Triestina,
denunciando in una conferenza stampa la gravissima crisi economica del club.[13] (della serie
"la nave affonda e....")
Il 24 giugno 2010 diventa ufficialmente il nuovo allenatore dell'Hellas Verona[14].
Nelle prime cinque giornate di campionato ha collezionato tre sconfitte (con Paganese, Como e Gubbio) un pareggio (con il Südtirol ) e una vittoria (5-1 contro il Monza).
A causa dei risultati insoddisfacenti ottenuti dalla squadra, l'8 novembre 2010 dopo la sconfitta contro la Salernitana per 2-1
che porta il Verona al penultimo posto in classifica[15],
viene esonerato 
dall'incarico dopo aver raccolto 13 punti in 12 gare di campionato[16], sostituito da Andrea Mandorlini.
Il 30 ottobre 2011 diventa il nuovo mister del Grosseto in sostituzione di Guido Ugolotti, suo compagno di squadra ai tempi della Roma nell'annata 1981-1982; si avvarrà di Ferruccio Mariani come allenatore in seconda.[17]
Dopo la sconfitta iniziale per 0-1 contro il Bari, il 5 novembre arriva la prima vittoria per 1-2 contro la Nocerina.
Dopo la vittoria esterna contro il Pescara (2-1),
durante l'intervista post-partita annuncia le sue dimissioni criticando il presidente Camilli, dichiarando "di essere di troppo e di essersi sentito sin da subito sempre in discussione".[18]